変形労働時間制でも残業代は出る｜割増賃金が発生するケース

「変形労働時間制にすれば残業代を払わなくてよい」——これは実務で最も多い誤解のひとつです。変形労働時間制は、忙しい時期の「8時間超え」をあらかじめ計画に組み込める制度であって、残業代が消える制度ではありません。計画を超えて働かせれば、通常どおり割増賃金が必要です。判定のしかたを、計算例つきで整理します。

残業の判定は「1日→1週→期間」の3段階

変形労働時間制の残業時間は、次の順番で数えます。二重にカウントしないよう、先に数えた分は除きます。

③の「法定総枠」は暦日数で決まります。1か月単位なら、31日の月177.1時間・30日の月171.4時間・28日の月160.0時間です。

計算例：10時間の日と8時間の日

1か月単位の変形労働時間制で、繁忙日を「所定10時間」、通常日を「所定8時間」と定めたシフトを例にします。

残業と判定された時間には、通常どおり25%以上（月60時間を超えた部分は50%以上）の割増賃金が必要です。単価は「月給 ÷ 月平均所定労働時間 × 割増率」。計算手順は 残業代の計算方法 をご覧ください。

変形でも変わらないルール

• 深夜割増（22時〜5時・＋25%）と法定休日割増（35%）は、変形労働時間制でもそのまま必要です。
• 36協定も必要です。変形はあくまで所定の組み方の制度で、残業をさせる根拠にはなりません（→ 36協定とは）。
• 月60時間超の50%割増も同じく適用されます。

実務でよくある間違い

• シフトを後から書き換える。「忙しくなったから今日は10時間の日にする」は認められません。所定は事前に特定するのが大原則で、事後変更した分は残業として扱われます。
• 暇な日との相殺。「昨日1時間多く働いたから今日1時間早帰りで帳消し」は、日単位の判定がある以上できません。昨日の1時間には割増が必要です。
• 1年単位で途中退職者の精算漏れ。1年単位の変形労働時間制では、対象期間の途中で入社・退職した人について、実際に働いた期間で平均週40時間を超えた分の割増賃金の精算が必要です。忘れやすいポイントです。

変形労働時間制は、残業の判定が通常制より複雑です。日々の実績を正確に集計する体制（勤怠集計）とセットで運用してください。

単価をすぐ計算する

残業代 計算ツールでは、月給と残業時間から割増賃金をすぐに確認できます。固定残業代を設定している場合は 定額残業代 計算ツール で内訳を確認できます。

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あわせて読みたい： 1年単位の変形労働時間制とは／1か月単位の変形労働時間制

根拠・出典

• 1か月単位・1年単位の変形労働時間制：労働基準法 第32条の2・第32条の4。
• 途中入社・退職者の割増賃金精算（1年単位）：労働基準法 第32条の4の2。
• 残業時間の3段階判定：行政通達（昭和63年1月1日 基発第1号ほか）。

よくある質問

変形労働時間制にすれば残業代は払わなくてよいのですか？

いいえ。あらかじめ定めた所定労働時間を超えて働かせれば、通常どおり割増賃金が必要です。変形は「計画的な8時間超え」を可能にする制度で、残業代をなくす制度ではありません。

変形労働時間制での残業はどう判定しますか？

1日単位（8時間または定めた時間超）→1週単位（40時間または定めた時間超）→対象期間単位（40時間×暦日数÷7の総枠超）の3段階で、重複を除いて数えます。

シフトをあとから変更して残業を回避できますか？

できません。所定労働時間は事前に特定するのが原則で、業務の都合による事後変更分は残業として扱われます。

深夜や休日の割増は変形労働時間制でも必要ですか？

必要です。深夜（22〜5時）は＋25%、法定休日は35%の割増が別途かかります。月60時間超の50%割増も同様に適用されます。

1年単位の変形労働時間制で途中退職した人の賃金精算とは？

対象期間の途中で入社・退職した人は、実際に在籍した期間で平均して週40時間を超えて働いた分について、割増賃金の支払い（精算）が必要です。

本記事は2026年7月時点の情報をもとにした（2026年7月11日 大幅加筆）一般的な情報提供であり、個別の事案への適合性を保証するものではありません。法令は改正されることがあります。具体的なご対応は、酌井社労士事務所までお気軽にご相談ください。