何が変わった？「時間数」から「健康確保」へ
これまで労基署は、特別条項つき36協定を適法に結んでいる会社に対しても、過重労働を防ぐ観点から「残業は月45時間以内に抑えてください」と一律に求める指導を行ってきました。法律上は特別条項があれば月45時間を超えられるのに、行政指導としては一段厳しい水準を求めていたわけです。
この一律指導が、2026年9月1日から取りやめになりました。ただし、労基署が何も見なくなるわけではありません。見直し後のチェックポイントは次のように変わります。
| 2026年8月まで | 2026年9月から | |
|---|---|---|
| 指導の中心 | 残業の時間数（月45時間以内に、と一律に要請） | 36協定に定めた健康福祉確保措置の実施状況 |
| 法律の上限規制 | 原則月45時間・年360時間（特別条項で年720時間など） | 変更なし（同じ） |
| 上限を超えた場合 | 法違反として是正勧告等 | 変更なし（従来どおり是正勧告等） |
労働団体からは「時間外労働を促しかねない」という指摘も出ています。一方、上野厚生労働大臣は「時間外労働の上限規制そのものを変更するものではなく、健康確保措置の状況を踏まえた監督、指導を行うため」と説明し、引き続き長時間労働の是正を求めていくとしています。
おさらい：残業時間の上限はどうなっている？
今回の見直しで変わっていない、法律上の上限を確認しておきます。
- 36協定を結んだ場合……月45時間・年360時間まで（法定の原則）。
- 特別条項つき36協定を結んだ場合……臨時的な特別の事情がある場合に限り、年720時間以内、複数月（2〜6か月）平均80時間以内（休日労働含む）、月100時間未満（休日労働含む）まで。ただし月45時間を超えられるのは年6回までです。
これらを1つでも超えると法違反で、罰則（6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金）の対象です。36協定の基本は 36協定とは で解説しています。
重点チェックされる「健康福祉確保措置」とは
特別条項つき36協定を届け出るときは、限度時間（月45時間）を超えて働く人の健康を守る措置を、次の中から選んで協定に定めることになっています。9月からは、この措置が「協定に書いてあるか」だけでなく「実際にやっているか」が見られます。
- 医師による面接指導
- 深夜業（22時〜5時）の回数制限
- 終業から始業までの休息時間の確保（勤務間インターバル）
- 代償休日・特別な休暇の付与
- 健康診断の実施
- 連続休暇の取得促進
- 心とからだの健康相談窓口の設置
- 配置転換
- 産業医等による助言・指導や保健指導
これとは別に、月80時間超の残業をして疲労の蓄積が認められる労働者から申出があった場合の医師による面接指導は、協定に書いていなくても法律上の義務（労働安全衛生法）です。混同しやすいので注意してください。
残業が多めの会社が今やるべきこと3つ
- 自社の36協定を開いて、健康福祉確保措置の欄を確認する……何を選んで協定したか、意外と把握されていない会社が多いです。協定した措置が実態に合っていなければ、次回の締結時に見直しましょう。
- 措置の「実施記録」を残す……面接指導の実施日と対象者、勤務間インターバルの運用実績、相談窓口の周知記録など。9月からの監督指導では、ここが証拠になります。
- 残業時間の把握を正確にする……措置の対象者（月45時間超・月80時間超）を拾うには、正確な労働時間の集計が前提です。勤怠集計ツールや残業代計算ツールもご活用ください。
よくある誤解・注意点
- 「月45時間を超えてよくなった」は誤りです。特別条項がない会社の上限は今までどおり月45時間・年360時間。特別条項があっても年6回までです。変わったのは労基署の指導のやり方だけです。
- 「労基署のチェックが緩くなった」とも言い切れません。時間数の一律指導が消えたかわりに、健康確保措置の実施状況という「記録がないと答えられない項目」が重点になりました。書類仕事としてはむしろ具体的になっています。
- 安全配慮義務は別問題です。行政指導がどう変わっても、長時間労働で従業員の健康を損ねれば、会社は民事上の損害賠償責任（安全配慮義務違反）を問われます。過労死ライン（月80時間・100時間）の意識はこれまでどおり必要です。
参考・出典
- 厚生労働省「時間外・休日労働に関する監督指導の見直し」（2026年8月19日公表・9月1日運用開始）。
- 報道：TBS NEWS DIG（Yahoo!ニュース）・日本経済新聞（2026年8月20日）。
- 時間外労働の上限規制・特別条項：労働基準法第36条。健康福祉確保措置：労働基準法施行規則・指針（36協定届 様式第9号の2）。
- 月80時間超の面接指導：労働安全衛生法第66条の8。
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よくある質問
労働基準監督署の残業指導は2026年9月に何が変わりましたか？
2026年9月1日から、特別条項つき36協定を適法に結んでいる会社に対して「残業を月45時間以内に抑えるように」と一律に求めてきた指導が取りやめになりました。かわりに、36協定に定めた健康福祉確保措置（医師の面接指導や勤務間インターバルなど）をきちんと実施しているかを重点的に確認する指導に変わります。厚生労働省が2026年8月19日に公表し、9月1日から運用が始まっています。
残業の上限規制（月45時間）はなくなったのですか？
なくなっていません。労働基準法の時間外労働の上限は今までどおり原則月45時間・年360時間で、特別条項を結んだ場合の上限（年720時間など）も一切変わっていません。変わったのは法律ではなく、労働基準監督署の指導のしかた（チェックポイント）だけです。上限を超えれば従来どおり法違反として是正勧告や送検の対象になります。
特別条項があれば何時間まで残業できますか？
特別条項つき36協定を結ぶと、臨時的な特別の事情がある場合に限り、年720時間以内、複数月（2〜6か月）平均80時間以内（休日労働含む）、月100時間未満（休日労働含む）まで認められます。ただし月45時間を超えられるのは年6回までです。これらを1つでも超えると法違反になります。
健康福祉確保措置とは何ですか？
特別条項つき36協定を結ぶときに、限度時間を超えて働く労働者の健康を守るために協定で定める措置です。医師による面接指導、深夜業の回数制限、勤務間インターバル（終業から始業までの休息確保）、代償休日・特別な休暇、健康診断、連続休暇の取得促進、心とからだの相談窓口、配置転換、産業医の助言・指導などから選んで定めます。2026年9月からは、この措置を実際にやっているかが労基署の重点チェック項目になりました。
今回の見直しを受けて会社は何を準備すればいいですか？
まず自社の36協定の特別条項に、健康福祉確保措置として何を定めているかを確認してください。そのうえで、定めた措置を実施した記録（面接指導の実施日・対象者、インターバルの運用実績など）を残すことが重要です。また、月80時間超の残業をした労働者から申出があった場合の医師の面接指導は法律上の義務なので、産業医や地域産業保健センターとの連携体制も整えておきましょう。